• Forum: List Of Cloud Genomics Companies
  • 1. Seven Bridges Genomics – http://www.sbgenomics.com
    • 1.1 概述：
    • 1.1 收费标准：
    • 1.2 使用案例
      • 1.2.1 全外显子分析，每个样品花费约$1。
      • 1.2.2 Sentieon WGS 50x samples数据，30X 全基因组约$6.87.
  • 2. BaseSpace – http://basespace.illumina.com
    • 2.1 概述：有部署edico genomics流程，分析速度快；仅支持illumina平台数据，与illumina测序仪对接方便，但其他来源数据上传很麻烦。
    • 2.1 收费标准：
    • 2.2 使用案例
      • 2.2.1 肿瘤配对样品体细胞突变检测流程，全基因组数据2*100X，500G数据量
      • 2.2.2 种系突变流程，全外显子数据2*225X，14G数据量
      • 2.2.2 16S 宏基因组分析，15个样品，7M reads
      • 2.2.3 Edico Genome on AWS
  • 3. DNAnexus – http://dnanexus.com
    • 3.1 概述：个性化支持较好（CWL & DWL）
  • 4. InsideDNA http://insidedna.me/
    • 4.1 概述：部署在GCP上， 提供咨询服务，提供集群租用模式（使用CLI）
    • 4.1 收费标准：
  • 5. Curoverse http://curoverse.com
  • 6. Pine Biotech http://pine-biotech.com/
  • 7. Broad firecloud https://gatkforums.broadinstitute.org/firecloud/
    • 7.1 案例： 全基因组每个 $5

Forum: List Of Cloud Genomics Companies

1. Seven Bridges Genomics – http://www.sbgenomics.com

1.1 概述：

分析流程多（有部署Sentieon流程），个性化支持较好（支持CWL），用户仅承担云平台使用费用。

1.1 收费标准：

Seven Bridges Genomics的流程部署在AWS(或AWS-EU)和GCP上，费用：仅收取云平台使用成本价，不附加其他费用。（AWS or GCP，计价以使用平台的计价规则为准）

1.2 使用案例

1.2.1 全外显子分析，每个样品花费约$1。

每个账户有$100的试用金额，可以完成30个30X外显子测序数据的分析，平均一个花费约$1.(从fastq到突变，使用BWA-GATK流程分析)

1.2.2 Sentieon WGS 50x samples数据，30X 全基因组约$6.87.

2. BaseSpace – http://basespace.illumina.com

2.1 概述：有部署edico genomics流程，分析速度快；仅支持illumina平台数据，与illumina测序仪对接方便，但其他来源数据上传很麻烦。

2.1 收费标准：

a，计算费用：流程按使用时间计费，不同流程单价不同； b，存储费用：每个用户有1T免费存储费用，超出部分每Gb数据每月费用$0.03.

2.2 使用案例

2.2.1 肿瘤配对样品体细胞突变检测流程，全基因组数据2*100X，500G数据量

使用DRAGEN Somatic 流程，流程单价每小时$4.98，耗时约5小时，总费用$24.

2.2.2 种系突变流程，全外显子数据2*225X，14G数据量

使用DRAGEN Germline 流程，流程单价每小时$4.98，耗时约12分钟，总费用$2.

2.2.2 16S 宏基因组分析，15个样品，7M reads

分析流程16S Metagenomics ，流程单价每小时$3，耗时3小时15分，总费用$10.

2.2.3 Edico Genome on AWS

流程DRAGEN Complete Suite（支持的数据类型有限），不同规格的虚拟机价格不同。平均费用，每个全基因组小于$15, 每个全外显子小于$3. Pricing Breakdown: F1.2xlarge: $10.35 (DRAGEN) + $1.65 (Compute) = $12.00/hr Per Genome: $12.00hr/0.8 genomes = $15 Per Exome: $12.00hr/5.45 exomes = $2 F1.4xlarge: $15.10 (DRAGEN) + $3.30 (Compute) = $18.40/hr Per Genome: $18.40hr/1.5 genomes = $12.25 Per Exome: $18.40hr/10 exomes = $1.84 F1.16xlarge: $22.10 (DRAGEN) + $13.20 (Compute) = $35.30/hr Per Genome: $35.30hr/1.76 genomes = $20 Per Exome: $35.30hr/12 exomes = $3

3. DNAnexus – http://dnanexus.com

3.1 概述：个性化支持较好（CWL & DWL）

Edico, DNAnexus Launch $20, 90-minute Whole Genome Analysis：2017/08

4. InsideDNA http://insidedna.me/

4.1 概述：部署在GCP上， 提供咨询服务，提供集群租用模式（使用CLI）

4.1 收费标准：

a, 计算费用：谷歌云收费基础上+ 25% b, 存储费用：个人 10TB，$45每月；团队 50TB ，5人，$225每月

5. Curoverse http://curoverse.com

6. Pine Biotech http://pine-biotech.com/

7. Broad firecloud https://gatkforums.broadinstitute.org/firecloud/

7.1 案例： 全基因组每个 $5